В крайне разнообразных природных условиях Таджикистана в эволюционном процессе развивалось значительное обилие видового разнообразия флоры и фауны, ценные генетические ресурсы, эндемичные и реликтовые виды растений и животного мира, которые в настоящее время сохраняются в естественных экосистемах и отчасти в агроэкосистемах. Богатое биоразнообразие насчитывает около 23 тыс. видов флоры и фауны, 1900 из которых являются эндемиками. Основными источниками формирования рек, питающих бассейн Аральского моря, являются ледники и постоянный снежный покров.
Водные ресурсы страны используются для полива хлопчатника, промышленных и бытовых нужд, а также для выработки около 95% от всей электроэнергии страны. Биоразнообразие Таджикистана имеет большое значение на глобальном, региональном и национальном уровнях. К глобально значимым видам относятся 11 видов растений, имеющих глобальное значение для мировой селекции: Aspicilia oxneriana, Hordeum bulbosum, Fritillaria regelii, Tulipa subquinquefolia, Punica granatum, Ficus carica, Juglans regia, Pistasio verae и др. В Красную книгу МСОП-2006 занесено 2 вида: свидина дарвазская Swida darvasica и яблоня Сиверса Malus sieversii. Из животных винторогий козел Capra falconeri, снежный барс Uncia uncia и уриала Ovis vignei представляют глобальное значение. Основными охраняемыми видами в составе растительных сообществ различных ландшафтов являются эндемики, представляющие глобальное значение. К ним относятся около 30 видов растений (миндаль Вавилова, орех грецкий, фисташка, слива дарвазская, груша кайон, лук Суворова, ферула сумбул, ячмень луковичный, лук Розенбаха и др.), а всего эндемиков – 105 видов. Ценными растительными сообществами являются: лесная, луговая, тугайная, арчовая, полусаванновая растительность, в составе которой встречается значительное количество редких, эндемичных и реликтовых видов.
